Au Bénin, 58 massifs forestiers ont été classés, représentant près de 25 % du territoire national. Cette statistique est restée inchangée depuis le dernier rapport sur la biodiversité du Bénin. Cependant, en fonction de leur richesse en faune et en essences forestières de valeur, il faut avouer que les différentes aires protégées ainsi classées ont été affectées à des modes de mise en valeur précis. Les parcs nationaux bénéficient d’un bon programme de conservation. Les forêts classées et périmètres de reboisement (excepté la forêt classée de la Lama) subissent un très fort degré de fragmentation qui ne favorise pas la conservation de la biodiversité. Toutefois, il faut remarquer que les succès obtenus dans la gestion des aires protégées au Bénin s’expliquent par la dotation de ces aires de plans d’aménagement participatif mis en œuvre par des unités de gestion spécifiques et dont beaucoup sont en cours d’actualisation dans le pays. En considérant la ration superficie des Aires Protégées sur la densité de la population humaine, on en induit que les Départements Atacora-Donga pourraient présager d’un meilleur futur pour les Aires Protégées compte tenu de leur superficie considérable et de la faible densité de population. Aucune Aire Protégée n’existe dans les Départements du Mono-Couffo, tandis que celles des Départements de l’Atlantique-Littoral et de l’Ouémé-Plateau apparaissent visiblement plus menacées car ce sont des zones très peuplées abritant de très faibles superficies d’Aires Protégées. Faute d’indicateurs appropriés et des références requises pour évaluer l’évolution des Aires Protégées du Bénin et de leurs ressources, il n’est pas possible actuellement de projeter les tendances quant à leur évolution dans le temps. Toutefois, au vu des succès obtenus dans certaines Aires Protégées (cas de la Réserve de Biosphère de la Pendjari), l’administration forestière s’évertue à doter de plus en plus les forêts classées de plans d’aménagement participatif et de mettre en place des unités fonctionnelles de mise en œuvre (les Cellules Techniques d’Aménagement des Forêts).
Comme recommandée par la Commission Mondiale des Aires Protégées (WCPA) de l’Union Internationale pour la Conservation de la Nature (UICN), l’ensemble des Aires Protégées d’un pays ou réseau d’aires protégées nationales devrait être représentatif de tous les écosystèmes existants. Si les savanes sont bien représentées dans le système d’aires protégées du Bénin, les forêts denses du Sud du Bénin y sont peu représentées et d’autres écosystèmes remarquables tels que la grande majorité des inselbergs du centre du Bénin et la Chaine de l’Atacora y sont absents. Une importante fraction de la biodiversité est ainsi non protégée par le réseau d’aires protégées domaniales du Bénin.