Plusieurs zones humides ont été érigées en site RAMSAR (Clédjo, 2010) et couvrent une superficie de 1.974.005 ha. Dans la partie Sud du pays, on retrouve deux complexes de zones humides qui se répartissent en Complexe Est (site RAMSAR 1018) et en complexe Ouest (site RAMSAR 1017). Au centre, les zones humides sont dominées par les affluents du fleuve Ouémé notamment le Zou et le bassin de l’Okpara dont aucune n’est érigée en site RAMSAR. Dans la partie septentrionale du pays, les zones humides sont dominées par le complexe Parc du W (site RAMSAR 1668) et de la rivière Pendjari (site RAMSAR 1669). Au nombre des biens et services offerts pour le bien-être des populations, on retrouve les activités économiques (agriculture, élevage, chasse, pêche, exploitation des produits forestiers non ligneux, etc.), socioculturelles (croyances religieuses), récréatives (tourisme), etc. Les divers écosystèmes (aquatiques, semi-aquatiques et terrestres) qui les constituent assurent les fonctions écologiques et constituent de ce fait des réserves biologiques (Lalèyè, 2000). Les cours d’eau servent au transport fluvial, à l’irrigation, aux prélèvements de ressources halieutiques, etc.
Les richesses floristique et faunique de certaines zones humides notamment les forêts marécageuses et les réserves communautaires de Bamezoun, Houèkè, les sites de Vodounto et
Togbin ont été évaluées récemment (Assogbadjo et al. 2011; Lalèyè, 2011 ; Dan, 2009). La végétation flottante est généralement moins diversifiée voire monospécifique avec des faciès à Nymphaea lotus, Pistia stratiotes. Au nombre des espèces animales décrites figurent en bonne place les poissons, les crevettes, les gastéropodes, les amphibiens, les crocodiles, les tortues, les reptiles (serpents, varans, etc.), les oiseaux dont certaines espèces sont récemment décrites, le lamantin, les antilopes et l’hippopotame. Les oiseaux ont été largement décrits au Bénin et actuellement l’avifaune est estimée à 570 espèces (Lougbégnon & Libois, 2011; Lougbégnon & Codjia, 2010). Elle est suivie des poissons (221 espèces réparties dans 57 familles) (Lalèyè, 2011). Les amphibiens du Bénin quant à eux restent peu étudiés. Des investigations effectuées dans certaines aires humides du pays font état d’une seule espèce de lamantin d’Afrique de même que d’hippopotame, adepte des eaux douces qui souffrent cruellement en période de baisse du niveau des eaux (Dossou-Bodjrènou et al., 2011 ; Assogbadjo et al., 2010). Parmi les quelques rares antilopes encore inféodées aux zones humides figurent encore des espèces très rares telles que le Sitatunga et les céphalophes. Elles ont été dénombrées dans quelques aires communautaires dont la réserve de Zinvié et la forêt sacrée de Bamèzoun (Nature tropicale, 2010 ; Assogbadjo et al. 2011). Selon les populations locales, certaines d’entre elles sont toujours abondantes, d’autres sont saisonnières (temporaires) alors que les populations de certaines espèces sont en perpétuelle décroissance.